临床表现与囊肿部位有关，治疗常见部位包括：外侧裂、胎儿头部桥小脑区、囊肿颞极、床表四叠体区、现和小脑蚓部、治疗鞍区和鞍上、双侧半球间、大脑突面、斜坡等。多数病变于儿童早期即出现症状，包括：颅内压增高症状，如头痛、恶心呕吐、嗜睡等；癫痫；颅骨膨凸；占位效应引起局部症状或体征。鞍上囊肿还可以表现有脑积水、发育迟缓，性早熟等、视力障碍等。因囊肿破裂出血流入囊内或蛛网膜下腔使而病情恶化。
对于无占位效应或政治的蛛网膜囊肿，无论其大小或部位均无需治疗，但应定期随诊复查。手术治疗多用于有症状和囊肿有张力者，手术方式包括囊肿腹腔分流术、内镜辅助下囊肿引流和囊壁切除术和开颅手术切除部分囊壁，使囊肿与周围脑池沟通术。
头部囊肿，发生在我们的大脑当中，因而会造成脑积水，影响视力听觉，甚至影响我们的神经系统，所以如果发现有囊肿的现象，就要及时的到医院治疗，不要认为头部囊肿是小病，自己就会痊愈，这是错误的理解，头部囊肿也会威胁到我们的生命健康，最后希望大家都能拥有一个健康的身体。